清穆宗同治二年（公元1863年）
二月 寧夏回民馬化龍起事。清王朝急令綏遠(yuǎn)城將軍德勒克多爾濟會同歸化城副都統(tǒng)桂成，妥辦防剿事宜，并調(diào)直隸、山西等地官兵各1 000名，前赴綏遠(yuǎn)城、歸化城一帶駐防。
秋 白凌阿、才寶善、王五、彌勒僧格等重舉義旗，在昌圖境內(nèi)屢敗清軍，并進(jìn)逼吉林省境.不久，王五被清軍捕殺，起義軍又轉(zhuǎn)戰(zhàn)于卓索圖盟和昭烏達(dá)盟的土默特左旗、敖漢旗、奈曼旗等地區(qū)，繼續(xù)堅持斗爭。
清穆宗同治三年（公元1864年）
九月 梵蒂岡天主教廷指定中國蒙古教區(qū)為比利時“圣母圣心會”傳教地域。從此，內(nèi)蒙古地區(qū)的天主教由“圣母圣心會”控制。
十月二十七日 清王朝令由黑龍江挑選官兵500名（其中呼倫貝爾150名，布特哈100名），赴新疆地區(qū)助剿回民軍。
□ 何員外（號稱何百萬）第一個到烏達(dá)地區(qū)建井采煤。井口在今烏海市烏達(dá)區(qū)辛家溝附近。
清穆宗同治四年（公元1865年）
四月二十一日 清王朝以阿拉善親王貢桑珠爾默特出兵寧夏、固原等地助剿回民軍有功，特予嘉獎。
五月十八日 清欽差大臣、內(nèi)蒙古科爾沁親王僧格林沁在山東曹州（今山東省菏澤地區(qū)）圍剿捻軍時戰(zhàn)死，時54歲。
六月 清王朝令阿拉善親王貢桑珠爾默特，鄂爾多斯貝勒扎那嘎爾第在各旗備辦駱駝1 000峰，作為轉(zhuǎn)運軍糧之備。
夏 東北各族人民的武裝起義掀起新的高潮，起義遍及東北和內(nèi)蒙古東部廣大地區(qū)。白凌阿、彌勒僧格義軍東山再起，隊伍不斷壯大。清王朝急調(diào)大批京都禁軍和在關(guān)內(nèi)圍剿捻軍的軍隊，會同東北及內(nèi)蒙古蒙旗馬隊合力圍剿，直到清穆宗同治五年（公元1866年）夏，起義才被鎮(zhèn)壓下去。白凌阿、彌勒僧格仍在群眾掩護下堅持斗爭。
□ 寧夏回民軍一部進(jìn)駐包頭西20里韓慶壩后，沿準(zhǔn)格爾逼近托克托廳，欲渡黃河進(jìn)攻河曲，駐山西河曲清軍開炮阻擊，回民軍西撤陜北地區(qū)。
□ 天主教“圣母圣心會”在內(nèi)蒙古地區(qū)成立育嬰院，并開辦學(xué)校和行醫(yī)施診，西醫(yī)開始傳入內(nèi)蒙古地區(qū)。
清穆宗同治五年（公元1866年）
四月二十七日 察哈爾捕盜官巴勒棍扎布、佐領(lǐng)達(dá)克黨羅索勒侵吞恤賞銀兩，清王朝諭令均革職訊辦。
七月 鄂爾多斯右翼中旗（鄂托克旗）爆發(fā)反對旗札薩克橫征暴斂的“獨貴龍”運動。
清穆宗同治六年（公元1867年）
秋 白凌阿、彌勒僧格重又發(fā)動起義，輾轉(zhuǎn)征戰(zhàn)于卓索圖盟、昭烏達(dá)盟及奉天、吉林、熱河和哲里木盟的部分地區(qū)。
□ 歸化城“大盛魁”等商號聯(lián)合呈請綏遠(yuǎn)城將軍裕瑞，“請假道俄羅斯通商，販運茶葉”，同時“赴西洋諸國通商”。呈文經(jīng)幕親王奏準(zhǔn)后實行。
□ 河套“萬德源”號商人張振達(dá)等在河套東部地區(qū)開挖短辮子壕渠（后來的老郭渠和通濟渠）。
清穆宗同治七年（公元1868年）
正月二十八日 蒙古族起義首領(lǐng)白凌阿與其漢族戰(zhàn)友焦西平（焦振東）在吉林弓棚子地方同時被清軍逮捕，后被殺害。十二月，彌勒僧格亦受傷被俘，被清軍殺害。歷時9年的東北地區(qū)（包括內(nèi)蒙古東部地區(qū)）各族人民的反清武裝起義失敗。
五月 陜甘回民軍占領(lǐng)鄂爾多斯右翼前旗（烏審旗），并攻打鄂爾多斯左翼前旗（準(zhǔn)格爾旗），部分回民軍分進(jìn)包頭昭君墳、十里長灘等處，河防吃緊。清王朝命鄂爾多斯貝勒扎那嘎爾第激勵諸軍，相機攔截，嚴(yán)守要隘；并調(diào)駐薩拉齊之歸綏官兵1 000名，分駐包頭、托克托等地防范，令綏遠(yuǎn)城將軍定安遣隊迎剿；又令總兵張曜自河曲出兵截?fù)??；孛褴姅⊥恕?span lang="EN-US">
□ 回民軍進(jìn)攻磴口地方，鹽海子、纏金一帶均被攻擾，清王朝派軍分往纏金及阿拉善烏蘭木頭地方進(jìn)剿，回民軍敗退。
□ 綏遠(yuǎn)城將軍定安命重修綏遠(yuǎn)城。重新整修北城門樓、補修陴阢樓槽，浚渠引水繞護外城，又于道路兩旁植楊柳萬余株。
清穆宗同治八年（公元1869年）
三月十六日 清王朝與俄羅斯政府簽訂不平等的《中俄改訂陸路通商章程》。
四月 陜甘回民軍再次進(jìn)入后套，占領(lǐng)磴口后分為兩路，一路乘船東下，泊纏金河；一路逼近阿拉善地區(qū)。進(jìn)入鄂爾多斯右翼后旗（杭錦旗）的回民軍，經(jīng)清軍會同蒙古官兵截剿，退至寧夏靈州境（今靈武縣），又為張曜所截?fù)?，?fù)入鄂爾多斯境，清軍再由烏喇特旗進(jìn)剿，回民軍敗退。
八月 從鄂爾多斯境敗退之回民軍，進(jìn)入阿拉善境內(nèi)。
□ 歸化城，和林格爾、薩拉齊、清水河四廳實存谷90 710石；豐鎮(zhèn)、寧遠(yuǎn)二廳常干倉儲谷49 520石，新收民還谷2 680石，民供谷3 000石，實存谷49 200石。
□ 口外瘟疫流行，歸化城尤甚。
十月十三日 清王朝命定安，宋慶、杜嘎爾等各督所部，速將鄂爾多斯七旗境內(nèi)敗散回民軍剿除凈盡。桂成暫留辦理冬防，明春到京赴任.富勒渾所帶洋槍隊154人留守歸化城、綏遠(yuǎn)城。
清穆宗同治九年（公元1870年）
六月 鄂爾多斯右翼中旗（鄂托克旗）、鄂爾多斯右翼前旗（烏審旗）境內(nèi)有陜甘回民軍活動，經(jīng)鄂爾多斯右翼前旗官員赤樓多爾濟率軍進(jìn)攻，回軍撤走。赤樓多爾濟和參領(lǐng)拉什扎木蘇戰(zhàn)歿。
十二月 綏遠(yuǎn)城將軍定安奏，烏喇特河北后套，夙稱產(chǎn)糧之區(qū)，而糧所田產(chǎn)，皆出于內(nèi)地民人私種蒙古游牧之地，現(xiàn)金順、張曜、老湘、卓勝各營軍糧，無不購買于此。擬請將三公旗墾出游牧地畝，無論應(yīng)開應(yīng)禁，均暫準(zhǔn)耕種，責(zé)令按畝收租，留備各項差使之用。
清穆宗同治十年（公元1871年）
正月 清王朝令金順防范烏喇特三旗地方的游弋回民軍。
夏 回民軍進(jìn)入烏喇特旗地方，清軍派兵圍剿，擊斃回民軍200余名，俘獲10余名，回民軍哲向西北退去。
秋 回民軍再次進(jìn)入烏喇特旗地方，清軍派兵追剿。在奔巴廟、察洪噶爾廟等地圍剿分散之回民軍，斬殺300余名，俘獲千余名，回民軍敗退。
□ 陳寶晉纂《和林格爾廳志略》一卷本成書。
清穆宗同治十一年（公元1872年）
五月十九日 清王朝調(diào)察哈爾、商都牧群駝850峰、馬800匹，分解烏里雅蘇臺、科布多兩城備用。
十二月初六日 清王朝決定依呼倫貝爾之例，布特哈總管加副都統(tǒng)銜。
冬 伊克昭盟盟長扎那嘎爾第赴京路經(jīng)張家口西灣子天主教堂，受到傳教士款待，答應(yīng)允許天主教會到鄂爾多斯地區(qū)傳教。
□ 河套地商侯雙珠（侯毛螺）、鄭和等人共同集資開挖長勝渠（后來的長濟渠）。
□ 阿拉善旗高世格梅林著《昔濟雜方》在北京木刻出版。高世格還譯書《欽定萬年歷及擇者金鑒》、《新譯五匣記》、《蒙文萬年歷》等。
清穆宗同治十二年（公元1873年）
額濟納旗貝勒達(dá)什車?yán)阍诜蓝玛兏驶孛褴姇r陣亡。
□ 綏遠(yuǎn)城建立“長白書院”，收駐防八旗子弟入學(xué)。
清穆宗同治十三年（公元1874年）
二月 比利時籍天主教神父德五明、費司鐸和向?qū)钞?dāng)金巴抵達(dá)鄂爾多斯左翼前旗（準(zhǔn)格爾旗）王府，札薩克扎那嘎爾第以厚禮招待德玉明一行。四月，德玉明一行抵鄂爾多斯右翼中旗（鄂托克旗）城川。七月，在城川建立天主教堂一座。
□ 天主教駐張家口西灣子蒙古教區(qū)教士憑借法國公使熱福理支持，在歸化城北門外慶凱橋東北建天主教堂一座。
清德宗光緒元年（公元1875年）
后套地商樊三喜、吉爾吉慶、夏明堂、成順長、高和娃等集資開鑿塔布渠（又名五大股渠）。由長濟渠口入烏梁素海，長60公里，可灌田4 000頃。
□ 比利時國天主教神父德玉明以傳教為名，從山西、陜西糾集三四百流民，在阿拉善旗道老蘇亥地方墾務(wù)種地。
□ 克什克騰旗白音板地方開采墨玉礦。
清德宗光緒二年（公元1876年）
夏 克什克騰旗烏松圖魯河（今格勒河）山洪暴發(fā)，大水進(jìn)入經(jīng)棚街，死亡干余人，2 000余人無家可歸。
十二月 伊克昭盟盟長、貝勒扎納嘎爾第呈準(zhǔn)，鄂爾多斯左翼前旗（準(zhǔn)格爾旗）以頻年荒欠，請開墾空場一段，東西40公里，南北7.5公里，收租散賑，接濟窮蒙。
清德宗光緒三年（公元1877年）
秋 口外諸廳大饑。薩拉齊、托克托、和林格爾、清水河四廳尤甚。上年（公元1876年）秋禾未登，是年春夏又復(fù)亢早，秋苗未能播種，饑民日多，倉谷不滿，餓殍遍野。蒙旗亦大饑。
□ 歸化城設(shè)立牛痘局，施行人痘痂乳溶后接種，預(yù)防天花。
□ 喀喇沁中旗那拉不流（今寧城縣二龍鎮(zhèn)）建天主教堂一座。
清德宗光緒四年（公元1878年）
四月 清王朝撥察哈爾牧群馬3 000匹給山西各廳州縣（包括今呼和浩特地區(qū)、巴彥淖爾盟和包頭市南部地區(qū)）被災(zāi)貧民耕作。
□ 俄國人彼甫卓夫到歸化城，親眼看見了天主教堂比利時神父斯普林格從事駝毛收購、鹿茸販賣的活動，并充當(dāng)英國洋行代理人的行徑。
清德宗光緒五年（公元1879年）
四月 烏喇特三旗、阿拉善旗遭受蝗災(zāi)。
秋 豐鎮(zhèn)雨雹，大如車輪。河灘宿雁，傷者無算。居民爭利其肉。山前山后禾稼大傷。
□ 鄂爾多斯右翼前旗（烏審旗）再次爆發(fā)“獨貴龍”運動。在伊得木扎布、通那等人領(lǐng)導(dǎo)下，組成300余人“獨貴龍”，聯(lián)名控告旗中官吏的罪惡，旗札薩克巴達(dá)爾虎見眾怒難遏，只好將首惡旗官革職懲處。清德宗光緒十年（公元1884年），伊得木扎布、通那等60余人被逮捕流放，反抗斗爭失敗。
□ 綏遠(yuǎn)城“長白書院”由綏遠(yuǎn)城將軍瑞聯(lián)改名為“啟秀書院”。
清德宗光緒六年（公元1880年）
六月二十一日 奉鎮(zhèn)大風(fēng)雷，將地鐃爾缽村的酒器及小件物品，小動物均卷入半空。
六月二十三日 寧遠(yuǎn)岱海灘周圍數(shù)百里普降大雨，平地水深3尺。人畜、房屋、田禾等損失無算。
九月 由豐鎮(zhèn)廳理事同知德溥主修、麻麗五總纂的《豐鎮(zhèn)廳志》八卷（首一卷、末一卷）成書.
□ 比利時“圣母圣心會”傳教士低價向薩拉齊廳農(nóng)民高九為購買了永租河灘地24頃，并從鄂爾多斯左翼前旗（準(zhǔn)格爾旗）爾駕馬梁遷來部分教民定居，墾地種植，建筑教堂?！岸捻暤亍贝逵纱硕妹?。
□ 張之洞奏陳《詳籌邊計折》。
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