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種子管理站是農(nóng)業(yè)行政部門組織良種繁育推廣，管理種子的事業(yè)單位。民國18年（1929）綏遠省農(nóng)林試驗場農(nóng)務股曾承擔搜集農(nóng)作物品種進行試驗和推廣工作。民國30年（1941）偽滿洲國曾成立農(nóng)作物獎勵品種決定委員會，在內(nèi)蒙古東部推廣了一批良種。1947年內(nèi)蒙古自治政府成立后，對農(nóng)業(yè)種子十分重視，號召群眾“選種護種，改良籽種”，收集良種組織繁殖，建立農(nóng)事試驗場，確定縣級試驗場以繁殖良種為基礎任務，有重點有計劃的進行優(yōu)良品種推廣工作。種子工作的具體業(yè)務，由各級政府主管農(nóng)業(yè)生產(chǎn)的行政部門統(tǒng)一管理。

中華人民共和國成立以后，1950年綏遠省農(nóng)林廳成立種子科，承擔良種調(diào)查、檢定和收購工作。當年組織區(qū)、村選種小組，開展群眾性的良種評選工作。同年秋內(nèi)蒙古自治區(qū)人民政府農(nóng)牧部也發(fā)出通知，要求以嘎查（村）為單位組建選種委員會，領導良種評選工作，指導群眾田間選種。1951年6月1日綏遠省農(nóng)林廳將種子科與推廣科合并為技術改進科，管理病蟲害防治、選種、推廣良種、農(nóng)藥、農(nóng)具等業(yè)務。

1956年4月，國務院發(fā)出“關于春耕生產(chǎn)的指示”，要求各省、地、縣農(nóng)業(yè)部門根據(jù)當?shù)厍闆r限期建立和健全種子機構，加強種子管理和良種推廣工作。自治區(qū)農(nóng)牧廳于當年6月在自治區(qū)農(nóng)業(yè)技術推廣所內(nèi)設立種子科，管理全區(qū)種子和良種示范繁殖農(nóng)場的業(yè)務。根據(jù)國務院和國家糧、農(nóng)兩部關于建立種子機構的精神，報請自治區(qū)計劃委員會同意，1956年計劃全區(qū)建立50個種子站，編制178人，其中盟市站10個，編制68人，歸農(nóng)牧處（局）領導；旗縣站40個，編制120人，歸旗縣人民委員會農(nóng)業(yè)部門領導。種子站人員由各級政府解決，建站經(jīng)費由國家農(nóng)業(yè)部和自治區(qū)隨建站編制下達，并明確種子站是農(nóng)業(yè)事業(yè)機構，其任務為：（l）擬定糧油作物良種繁育、推廣、購貯、調(diào)配和供應計劃，推動良種普及工作。（2）布置督促和檢查良種繁育工作，指導良種示范場、農(nóng)業(yè)社種子地的良繁技術。（3）組織指導檢查優(yōu)良品種的評選、區(qū)域審定；鑒定本盟、市、行政區(qū)、旗、縣范圍內(nèi)的良種；組織試驗試種、示范等。（4）推動并辦理種子品質檢驗工作。（5）指導群眾選留種、種子儲藏、保管技術，積極培養(yǎng)、提高下一級種子工作人員和農(nóng)業(yè)社種子技術員的業(yè)務水平。（6）擬定一般種子、備荒種子、補種、墾荒種子及飼料地種子的儲備、調(diào)劑、供應計劃。（7）承辦種子繁殖農(nóng)場的有關事宜。經(jīng)過一年建設，到1957年末完成了全區(qū)建站計劃。這批新建的種子機構，實行行政、技術二位一體，是各級農(nóng)業(yè)行政部門主管種子工作的農(nóng)業(yè)事業(yè)單位，其職能主要是負責各級種子工作的行政管理和技術指導。種子經(jīng)營仍由糧食部門管理。

1958年2月11日，國務院（五辦、七辦）批轉糧食部、農(nóng)業(yè)部“關于成立種子機構意見的報告”，要求各地及時建立種子經(jīng)營機構，統(tǒng)一經(jīng)營糧食、油料、經(jīng)濟作物、牧草、綠肥等種予以及辦理從國外引進良種的經(jīng)營工作。據(jù)此，自治區(qū)農(nóng)業(yè)廳于當年3月將原自治區(qū)農(nóng)業(yè)技術推廣所的種子科改建為行政、技術、經(jīng)營三位一體的種子管理處，編制20人。同年8月，農(nóng)業(yè)、糧食兩廳報經(jīng)自治區(qū)人民委員會同意，在原有各級農(nóng)業(yè)種子站內(nèi)增設良種經(jīng)營機構，并在各盟市、增建種子站17處（牧區(qū)不建），增編248人，連同原有種子站全區(qū)種子機構達67處，人員編制426人，（內(nèi)有農(nóng)業(yè)技術人員248人、經(jīng)營人員178人），其中盟級站8處，每站編制6人～8人，旗縣級站59處，每站編制5人～7人。自治區(qū)農(nóng)業(yè)廳為了進一步加強對全區(qū)種子工作的管理，于1959年冬，將原種子處擴建為種子管理局，編制25人；并要求人民公社建立種子工作委員會，領導全社精選良種和良種的繁殖推廣工作。到1960年全區(qū)已建立自治區(qū)、盟、旗（縣）三級行政、技術、良種經(jīng)營三位一體的種子管理機構67處，編制達393人，其中自治區(qū)級1處，編制25人，盟級8處，編制64人；旗縣級58處，編制204人。1961年，由于緊縮機構，精簡人員，全區(qū)約有半數(shù)的種子機構被撤消，人員精減近1/2，部分倉庫、器材、資金被占用，使全區(qū)種子系統(tǒng)當年糧、油良種購銷僅完成計劃任務的41%。1962年7月，自治區(qū)人民委員會在轉發(fā)國務院“關于做好選種留種工作指示”時，通知各地要迅速恢復和健全盟（市）、旗（縣）種子機構，原屬種子站的工作人員應歸隊，原屬種子站的財產(chǎn)應收回，并重申種子站是行政、技術、經(jīng)營三者統(tǒng)一管理種子工作的單位，對外掛良種公司牌子。1963年9月，自治區(qū)黨委、人委在貫徹中共中央、國務院1962年發(fā)出的“關于加強種子工作的決定”時，再次要求各地迅速健全種子管理機構，加強對種子工作的領導，強調(diào)“對種子站的工作只許加強，不能削弱”。

1968年9月，內(nèi)蒙古自治區(qū)革命委員會決定機構改組，原自治區(qū)各部、委、廳、局一律停止行使職權，其下屬單位由革委會各部、室直接領導。當年10月成立自治區(qū)農(nóng)林種子站，取代了原來的農(nóng)業(yè)廳種子管理局。1970年2月，自治區(qū)革委會生建部發(fā)出通知，要求各地健全種子管理機構，加強對種子工作的領導。1971年6月，自治區(qū)農(nóng)林種子站又改建為自治區(qū)農(nóng)林技術種子推廣站。1973年，農(nóng)林局機構調(diào)整。當年11月，自治區(qū)農(nóng)林技術種子站改為自治區(qū)農(nóng)業(yè)種子推廣站。隨著良種繁育體系的發(fā)展，1976年6月，自治區(qū)革委會農(nóng)林局向各盟、市、旗縣農(nóng)林局發(fā)出“建立健全六級三有良種繁育推廣體系的意見”，提出必須建立、充實、加強自治區(qū)、盟市、旗縣三級種子管理站（庫）外，同時要求人民公社也要建立良種繁殖場、種子站、種子庫三合一的種子管理機構，從而把種子管理機構延伸到人民公社。1976年，為了健全全區(qū)農(nóng)作物品種審定工作，報請自治區(qū)革委會批準，于8月1日成立了自治區(qū)農(nóng)作物品種審定委員會，負責對全區(qū)農(nóng)作物品種的審定工作。委員會由農(nóng)業(yè)生產(chǎn)、科研、教學、種子等單位的有關人員組成，隸屬自治區(qū)農(nóng)林局，具體事務由自治區(qū)種子站兼辦。各盟市也相應成立了農(nóng)作物品種審定小組。

1977年和1978年，中共中央、國務院先后發(fā)出文件，要求各地成立種子公司，盡快實現(xiàn)種子生產(chǎn)專業(yè)化、加工機械化、質量標準化、品種布局區(qū)域化和以縣為單位組織統(tǒng)一供種。自治區(qū)農(nóng)林局根據(jù)黨中央精神，于1978年報經(jīng)自治區(qū)黨委批準，把自治區(qū)種子站改為行政、技術、經(jīng)營三位一體的事業(yè)性質的種子公司，編制40人。各盟、市、旗、縣根據(jù)當?shù)厍闆r，也先后成立了種子公司。各級公司都是行政、技術、經(jīng)營三位一體的事業(yè)單位，隸屬于同級農(nóng)業(yè)行政部門。1984年7月，自治區(qū)農(nóng)牧漁業(yè)廳黨組根據(jù)改革精神，決定將自治區(qū)種子公司由事業(yè)單位改為企業(yè)經(jīng)營，兼管事業(yè)，實行承包合同制，逐步把公司辦成企業(yè)性質的經(jīng)濟實體。據(jù)此，自治區(qū)種子公司對內(nèi)部職能科室重新作了調(diào)整，把原來以管理型為主的科室改變?yōu)槠髽I(yè)經(jīng)營、生產(chǎn)開發(fā)、管理監(jiān)督型的職能科室。為加強對全區(qū)種子的管理工作，1987年6月，自治區(qū)農(nóng)業(yè)委員會報經(jīng)自治區(qū)編制委員會批準，自治區(qū)種子公司增掛“內(nèi)蒙古自治區(qū)種子管理站”的牌子，一套人馬兩塊牌子，原內(nèi)設機構不變，人員暫控為87人，其中專業(yè)技術人員64人，行政管理人員23人。1990年，全國清理整頓公司，自治區(qū)種子管理站不再掛“內(nèi)蒙古自治區(qū)種子公司”牌子。原機構職能和內(nèi)設機構不變，核定編制83人，其中專業(yè)技術人員62人，行政工勤人員21人。到1990年底，全區(qū)種子機構有91個站（公司），職工2967人，其中自治區(qū)級站1個，職工81人；盟市級站（公司）11個，職工456人；旗縣級站（公司）79個，職工2430人。職工總人數(shù)中專業(yè)技術人員1054人，占職工總人數(shù)的35.9%。